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发酵是食品保存最古老和最经济的方法之一,而乳酸菌是食品发酵过程中一类重要的微生物菌群.本研究运用PCR-DGGE 指纹图谱和Illumina Miseq Ⅲ 测序技术分析了八种中国传统发酵乳制品、发酵蔬菜、发酵谷物和发酵豆类食品中微生物群落结构的多样性特性.结果显示,PCR-DGGE 指纹图谱因发酵食品样品不同而差异显著,进一步对指纹图谱中的部分优势条带进行序列分析发现,隶属于厚壁菌门(Firmicutes)的乳球菌属(Lactococcus)和乳杆菌属(Lactobacillus)细菌为主要优势菌群.运用Illumina Miseq Ⅲ测序技术分析检测样品中细菌群落结构的多样性,共获得了233,136 条高质量16S rDNA 序列.序列比较分析发现,检测的八种发酵食品样品中的大多数细菌隶属于Firmicutes(73.10％-99.60％),其次是变形菌门(Proteobacteria,0.28％-13.91％)、放线菌门(Actinobacteria,0.00％-7.96％)和拟杆菌门(Bacteroidetes,0.04％-3.80％).优势菌属因样品不同也存在很大差异,Lactococcus 在发酵乳制品奶豆腐和乳饼样品中分别占90.43％ 和49.02％；魏斯氏属(Weissella sp.)和Lactobactillus 分别是发酵蔬菜样品朝鲜泡菜、萝卜泡菜的优势菌属(60.94％、60.96％)；发酵谷物(甜米酒)的优势菌属为明串珠菌属(Leuconostocaceae_unclassied sp.,70.35％),而黄酒酒曲则是小球菌属(Pediococcus,95.67％)；芽孢杆菌属(Bacillus)和四联球菌属(Tetragenococcus)分别是发酵豆类(臭豆子和臭豆腐)的优势菌属(55.32％,37.88％).本研究分析的中国传统发酵乳制品、发酵蔬菜、发酵谷物和发酵豆类样品中的细菌群落结构的相似性较低,分别为26.1％、22.5％、19.5％ 和16.0％；然而朝鲜泡菜和甜米酒均与奶豆腐样品之间却存在较高的细菌群落相似性,分别为50.2％ 和63.1％.本研究结果为进一步开发中国传统发酵食品中的乳酸菌资源提供了数据支撑.