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城镇居民医疗保障制度和新型农村合作医疗制度的建立，使城乡居民人人享有了基本医疗保障，但两项制度在运行中出现了新问题。通过分析绍兴市区城镇居民基本医疗保险制度和新型农村合作医疗制度的运行特点及存在的问题，建议统筹两项制度，统一构建城乡一体的居民医疗保障制度，并提出由卫生部门发挥行业优势进行管理，有利于新医改的顺利实施。