禾谷孢囊线虫(H.avenae)对小麦、大麦、黑麦、燕麦及多种禾本科牧草有严重危害性,是世界上广泛存在的病原线虫.利用基因组学和蛋白质学等手段寻找禾谷孢囊线虫中的致病基因或效应因子是研究致病机理以及植物抗性的基础.但由于缺少禾谷孢囊线虫基因组信息,所以该项工作一直进行的较为缓慢.本研究利用了转录组测序技术对禾谷孢囊线虫侵染的易变山羊草根部进行重头测序.结果发现全部转录本中的1.09％(673条)Unigene序列属于禾谷孢囊线虫.采用多种信息手段对673条Unigene序列进行分析发现,56条属于致病基因或效应因子进一步对673条Unigene进行STEM分析,发现其表达模式(Profile)主要有四种,对这四种主要表达的模式中的Unigene进行GO,KEGG分析,发现其重要的GO功能目录集中在生长发育和信号转导,其代谢途径(Pathway)也分布在200个不同代谢中,对前述GO,KEGG分析的Unigene进行共表达分析,发现了36个核心(Core) Unigene.通过基于不同功能和表达选择Unigene序列对致病进行进行qPCR验证,发现全部表达并且表达和转录组测序一致.最终,通过基于秀丽线虫(C.elegan) RNAi数据的比对,在673个禾谷孢囊线虫Unigene中发现有24个具有致死效应的RNAi位点,进一步排除了植物(Plant)、人类(Human)和昆虫(Insect)同源的RNAi位点,最后得到有三个RNAi位点,其致死率在80％以上(P＜0.05).