【摘 要】
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RNA-Seq是近年来发展起来的一种高通量转录组测序技术.本文利用该技术对基因组信息缺乏的单细胞绿藻——蛋白核小球藻(Chlorella pyrenoidosa)进行了转录组测序与转录谱的注解,并重点分析了该藻中的CO2浓缩机制的重要组成成分一碳酸酐酶的种类和数目.结果表明该藻的GC％为53.69％,将测得的4.93G的核苷酸序列组装得到平均长度为435nt的57,090个contigs和平均长度
【机 构】
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宁波大学海洋学院,应用海洋生物技术教育部重点实验室,浙江宁波,315211
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RNA-Seq是近年来发展起来的一种高通量转录组测序技术.本文利用该技术对基因组信息缺乏的单细胞绿藻——蛋白核小球藻(Chlorella pyrenoidosa)进行了转录组测序与转录谱的注解,并重点分析了该藻中的CO2浓缩机制的重要组成成分一碳酸酐酶的种类和数目.结果表明该藻的GC％为53.69％,将测得的4.93G的核苷酸序列组装得到平均长度为435nt的57,090个contigs和平均长度为1089nt的36,826个unigenes.以e-value小于1e-5作为匹配的标准,共有23,015 unigenes 分别在NR,NT,SwissProt,KEGG,COG和GO数据库中得到了注释.对获得的全部注释序列进行了CA序列的查找,共搜索到21条unigene,经过比对分别匹配到莱茵衣藻、小球藻C.variabilis等的α、β、γ-类型CA序列中.该研究可望为揭示小球藻中CCM作用方式与途径提供分子生物学信息的参考.
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