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结合一单立柱式海上风电基础数值算例，对实测模态不完备情况下的海上风电基础结构的损伤识别进行了研究。采用了两步式损伤识别过程：首先利用模态应变能法对结构损伤进行定位，然后利用一种新的模型修正方法对结构的损伤程度进行识别。通过引入边界单元刚度矩阵，简化模拟不同自由度上的桩-土作用，从而实现对上部结构损伤和桩基弱化进行整体识别。对于实测模态空间不完备问题，采用了Guyan扩阶和一种仅用实测频率信息的迭代方法进行对比研究。数值研究结果表明，在实测模态不完备情况下，本文所采用的两步式过程，可以同时实现对单桩式海上风电上部结构损伤和桩基弱化进行识别；对比于Guyan扩阶技术，仅用实测频率信息的迭代方法所识别的损伤程度精度要高。