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提出一种规划医学显微图像配准路径的方法。用颜色信息熵评价相邻显微图像重叠区域的信息量，当信息量低于阈值时调整配准路径以规避在该对显微图像间进行配准，避免因重叠区域信息量不足而引起的配准错误。认为重叠区域信息量越充分则图像配准结果的精度越高，基于Kruskal算法选择信息量丰富的区域来构建配准路径。实验证实本文提出的方法正确可行。