天然产物在药物发现、膳食补充、营养食品和中药中有广泛应用。色谱方法是天然产物研究的主要手段。反相分离是天然产物分析的主要方法，但天然产物中化合物本身的结构和空间复杂性，使天然分析需要多种分离手段结合运用。超高效合相色谱的出现，以及它和反相色谱宽范围的选择互补性，使天然产物研究方法增加了一个可行性的方案。超高效合相色谱最大的技术飞跃就是发挥了亚二微米颗粒卓越的分离能力，而亚二微米分离技术已经被越来越多的科学家应用在超高效液相色谱中。超高效合相色谱的设计有效的继承了超临界流体色谱的实用性和理论，而且增加了分离速度、分离度和灵敏度。超高效合相色谱在天然产物的分离和纯化领域有巨大的应用前景，以二氧化碳做为流动相，超高效合相色谱对于非极性化合物分离，相对反相色谱来说，有更大的兼容性和更快的分析速度，这一点从超高效合相色谱分析虾青素的案例中得到了印证。对一对25R/S螺甾皂苷异构体的分离，证明利用了亚二微米高效的色谱分离效能的超高效合相色谱，是分离非对映异构体又一潜在的方案。最后一个案例，超高效合相色谱对于反相色谱的互补性，使目标化合物和杂质获得了更好的分离度。将超高效合相色谱方法放大到制备型超临界流体色谱对目标化合物进行制备，制备出的目标物质的纯度可以达到99％以上。综上，超高效合相色谱以及相关技术，比如制备超临界流体色谱，可以是天然产物研究的主要手段之一。