浮游病毒是水体微生物群落的重要组成部分,在水生态系统结构与功能中发挥着重要作用.分子生态学技术的广泛应用为深入认识浮游病毒的群落结构、生态分布及其多样性提供了新的方法.本文分别对海洋及淡水环境中浮游病毒的遗传、功能及生态分布等多样性进行了综述,并简要概述了克隆文库分析方法、凝胶脉冲场电泳技术、DNA指纹图谱、DNA微阵列、宏基因组技术等分子生态学方法的基本概念及其在浮游病毒生态作用中的应用状况.浮游病毒普遍存在于水生系统中，其多样性与生态学意义倍受研究人员的高度关注，不仅能为基础分子生物学提供实验材料和开阔视野，而且其生态学功能，包括对有害藻华控制，对水环境的保护及遗传信息传递等的潜能亟待研发。近年来，运用各种分子生物学方法研究浮游病毒多样性及其与环境之间的相互关系，并取得了一定阶段性成果。