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针对烟草科研经费管理使用现状及存在问题，从加强对科计项目管理审计监督及搞好"三个结合"来加强对科研经费审计管理进行了探讨。一是搞好烟草科技经费审计需要做到对科研项目管理过程的审计监督。开展好科研经费审计从加强经费预算管理、科研经费开支审计监督、研发项目资产管理、科研成本核算管理、科研经费开支效益审计五个方面进行。二是切实做到"三个结合"。制度建设与内部控制相结合，健全企业长效机制；做到内审与外审相结合，实现科研经费全覆盖审计；专项审计与综合审计相结合，提高审计工作效率。从而找出强化科研经费审计管理方法，提高科研项目管理水平。