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本研究采集自印度洋的东非、斯里兰卡到西太平洋的印尼、菲律宾、台湾和日本，共130尾样本.由粒线体DNA中的细胞色素氧化酶第一单元标志(COI)进行聚合酶连锁反应，增幅序列长度高612个硷基对，并得到15个单型，其单型歧异度(h)和核苷酸歧异度(π)各为0.714和0.0022。邻位速接法树图(NJ tree)显示叠波盖刺鱼的演化方向是由印度洋至太平洋。NJ tree和单型网状支序图显示在东印度洋有一地理障碍限制其在两大洋间之基因交流，显示在其地区有一潜在的地理障碍。中性检测则呈现其近期族群扩增之现象。