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活性筛选是创新药物研发的必经之路，自上世纪八十年代起高通量药物筛选技术在创新药物的研发中应用越来越广泛。但高通量药物筛选的模型在二十世纪主要局限于体外培养细胞与低等的模式生物如大肠杆菌与酵母等。随着生物技术的不断提高，尤其是基于基因组的系统生物学技术的创新，利用模式动物进行高通量药物筛选近年来受到高度重视。模式动物作为体内模型在药物筛选中发挥着越来越重要的作用，到目前为止模式动物斑马鱼、线虫与果蝇在高通量药物筛选中的应用已经初具规模。本文重点介绍斑马鱼、线虫与果蝇这三种模式动物在国内外高通量药物筛选中的应用现状，在此基础上展望模式动物在高通量药物筛选尤其是海洋创新药物研发中的应用前景。