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本研究对赤魟分布区内107个个体的控制区第一高变区序列进行了测定和分析。序列长度为474bp，共检测到31个单倍型，海水和淡水群体均呈现出中等偏高水平的单倍型多样度较低水平的核苷酸多样度，分子方差分析结果显示赤魟的遗传变异主要来源于群体内部；两两群体相比较的FST值表明赤魟在所研究范围内存在显著的遗传结构，无限突变位点模型中性检验及核苷酸不配对分布分析结果显示赤魟经历了更新世晚期的群体扩张事件。