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基因组测序的完成是一个物种进入基因组时代的重要标志。一个物种参考基因组序列是开展遗传学和基因组学的重要资源，对于新基因发掘、多样性与单倍型作图、作物育种、比较基因组与多倍体研究具有重要研究意义。目前很多作物基因组已经测序完成。小麦基因组的超大基因组、多倍体特性和重复序列多等特性使得全基因组测序工作滞后于其它物种。