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电喷雾电离技术可以用于氨基酸、多肽等生物分子非共价复合物离子的产生，进一步结合串联质谱或反应质谱法则得到相关复合物离子的结构信息，加深对分子间非共价相互作用的理解。一种被广泛使用的方法是将傅里叶变换离子回旋质谱仪与红外可调谐激光联用，从而获得离子的红外解离光谱，结合理论计算，可以更好地了解相关离子的结构特点。