在移植过程中的变化和实施有效的支持治疗策略降低了降低异基因造血干细胞预处理后的早期感染并发症发生率和增加了后期的风险。因此，显著发病率和风险的时间导致感染的类型发生改变。所有类型的生物，都可以导致迟发的感染，如：细菌，病毒，真菌，但风险是可以预测的，通过量身定制的预防策略的使用是可以克服的。具体而言，最近研究移植物抗宿主病细菌感染长期风险，尤其是那些有荚膜的微生物和那些继发于受损抗体反应的感染。预防和疫苗接种策略可以用来作为防止感染一种手段，通常表现在呼吸道。多种病毒引起HCT后的感染，包括几个疱疹病毒(如巨细胞病毒，水痘带状疱疹病毒)和其他呼吸道病毒如流感病毒和腺病毒。这些感染可能会导致严重的疾病，给诊断带来挑战，但加强监测和/或预防的预防策略可能是有效的。最后，真菌也可能导致HCT后疾病，尤其是丝状真菌(如，曲霉菌属和毛霉菌属)肺孢子菌；预防性的策略可以成功地用于预防侵袭性感染。这里综述晚期感染和预防他们的方法。