微生物药物及抗生素作为不可或缺的临床药物，正处于孕育新的更大发展的培育期，微生物药物的研究新热点主要包括：大量耐药菌的出现，尤其是多重及广泛耐药结核杆菌、耐药革兰氏阴性菌造成的抗菌药物治疗的严峻形势。客观上需要更新、更多的抗生素以及针对耐药菌新抗生素的研发；病原微生物基因组学研究，揭示了更多潜在的抗感染药物靶标，人类基因功能基因组学，生物信息学、结构生物学、化学生物学等揭示了更多新型药物靶标(1500-4000个)，这些也为揭示微生物产物的更广范围的生物活性奠定基础，中国在抗菌、抗结核药物新靶标发现与确认方面取得了可喜的突破；资源微生物基因组学研究，揭示了微生物具有更大的合成天然产物的潜力，一般的放线菌基因组具有20-30个的天然产物生物合成基因簇，一般的丝状真菌基因组具有30-50个天然产物生物合成基因簇和复杂调控基因机制以及天然产物结构后修饰酶；宏基因组学、合成生物学的兴起，使得定向寻找、发现和理性化产生具有类药性天然产物成为可能；对肠道菌群及维持的微环境的深入研究、可以揭示更多的药物吸收、代谢、免疫等微生物药物学科新知识，更丰富了微生物药物的内容，也是药物治疗必须考虑的一个方面。