牦牛β-casein 5'UTR侧翼序列启动子序列分析

来源 :中国畜牧兽医学会兽医产科学分会第十三次学术研讨会 | 被引量 : 0次 | 上传用户:wagegea
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  为了研究牦牛β-casein 5侧翼序列启动子区域功能的研究,通过利用RepeatMasker version、CENSOR software和Regulatory Sequence Analysis Tools (RSAT)等生物信息学软件对牦牛β-casein启动子区域进行了分析,根据NCBI提供的基因登陆号牦牛β-casein GenBank accession No.NW005394461与牛β-casein GenBank accession No.JN559864.1进行了比对,发现牦牛β-casein转录起始点位于基因组145,965bp处;序列区域内重复序列包含多个long interspersed nuclear element(LINE)和short interspersed nuclear element (SINE),包含已知的调控位点有AP1,C/EBP,CTF/NF1,CTF/NF1 half,GR half,MGF,DS1&SS,PMF,PRL和YY1等位点;主要的特异转录因子结合位点包含SOX/SRY-sex/testis determinig and related HMG box factors (SORY),Homeodomain transcription factors(HOMF), Brn POU domain factors (BRNF)和Paraloghox genes 1-8from the four hox clusters A,B,C,D(HOXF), Lim homeodomain factors(LHXF), Homeobox transcription factors(HBOX),for Octamer binding protein(OCT1)和Cart-1 (cartilage homeoprotein 1)(CART);对于能特异结合乳腺组织的转录因子位点包含human and murine ETS1 factors (ETSF),fork head domain factors (FKHD),STAT, glucocorticoid responsive and related elements (GREF), Brachyury gene, mesoderm developmental factor (BRAC), Twist subfamily of class B bHLH transcription factors (HAND)和estrogen response elements (EREF).通过MEME软件分析牦牛和其他六种不同物种的β-casein启动子近端区域,发现具有三个位点高度保守,并且三个位点包含DS1&SS,CTF/NF1,CTF/NF1-half和GR-half等转录因子位点.这些转录因子在哺乳期可能对调节酪蛋白基因表达发挥促进或者抑制作用从而进行一系列的精密调控.关于酪蛋白基因上游富集位点的作用研究相对匮乏,他们作为进一步评估奶蛋白基因表达的作用起到一个重要的信息来源的.近端启动子在不同物种的比较分析显示在反刍动物物种中高度保守,但是在骆驼β-casein上游区域(14 bp--195 bp)之间有一段区别于其他物种的插入序列,表明物种形成过程中发生适应性变化.
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