首先分析洋山工程建设中包括了围填造地,桥桩钻孔,疏浚,炸礁,爆破挤淤,管道排放,陆域吹填等对海洋生态系统产生不利影响的环节。由此,进一步筛选出影响海洋生态系统服务功能的因子主要是悬浮物,冲击波和填埋。如悬浮物,冲击波导致渔业资源数量的明显下降,从而影响生态系统供给功能。但随施工范围缩小,影响范围受限,至2007年,渔业资源数量基本恢复。由此推测,工程对海域生态供给功能的影响主要来自施工阶段。生态系统调节功能方面,工程没有向环境注入大量废水和废弃物,实测结果显示,2002年到2006年洋山水域营养盐的含量未见明显增高。景观方面,工程的实施对原有景观产生重大影响,但也催生出东海大桥等新景观,旅游收入有明显增长。生态系统支持功能方面,施工期间悬浮物,冲击波明显地影响海洋生物数量,然而目前数量已经或有明显恢复趋势,表明工程营运期对海洋生物数量影响不大。工程实施对洋山水域产卵场和索饵场功能的维持影响不大。