2012年,猪丁型冠状病毒(PDCoV)首次在香港发现。2014年,PDCoV首次在美国的患腹泻仔猪粪便中得以分离,此后,我国一些省份也报道了该病毒的流行。但其在华南地区的流行现状仍不清楚。华南地区是我国生猪养殖及猪肉消费重要地区。调查其流行以及比较其与传统病毒腹泻病原(猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒和猪C型轮状病毒)的流行情况,有助于我们防控生猪养殖过程中发生的病毒性腹泻疫病。在本研究中,我们收集了三个猪场(分别来自广东、广西、海南)的90份临床腹泻样本(每个猪场30份样本,哺乳仔猪、保育猪、育肥猪各10份),并进行了RT-PCR检测。PDCoV主要集中在保育猪,检出率为4.4%(4/90),尽管检出率低,但三个猪场均有阳性。此外,PEDV的检出率为17.8%(16/90),PEDV的流行在猪群日龄上无明显差异,主要集中在哺乳仔猪和保育猪,且与PDCoV混合感染严重。90份样本中未检出猪传染性胃肠炎病毒和猪C型轮状病毒。进一步对PDCoV的S基因和N基因进行克隆和分析,获得的4株PDCoV的S基因和N基因全长为3480bp和1029bp。值得注意的是,PDCoV华南株S基因比美国株以及韩国株的S基因缺失3个碱基。遗传进化分析也表明,PDCoV华南株在一个小分支上,而与美国株、韩国株遗传距离较远。该研究证实了PDCoV在华南地区的存在,并得出了PDCoV华南株在遗传进化上具有一定的地域局限性。