海洋环境公益诉讼作为一种重要的司法手段，可以说是保护海洋环境最终的、也是最具有强制力的救济途径。随着我国民事诉讼法正式引人公益诉讼制度，不难预见，海洋环境公益诉讼一方面将发挥更大的作用，另一方面也将面临更多的挑战。鉴于证据在民事诉讼中所占的核心地位，如何建立起与海洋环境公益诉讼相适应的举证责任制度，是司法实践中值得研究的重要课题。通过探究海洋环境公益诉讼举证责任制度的法律基础与现实问题的分析，总结了其性质对举证责任的影响，并对法院的职能进行了分析，指出我国新《民事诉讼法》对于公益诉讼的规定为海洋环境公益诉讼提供了基础法律依据。公益与私益密不可分，公益诉讼并不是独立于普通民事诉讼之外的新的诉讼类型，海洋环境公益诉讼的举证责任分配和普通民事诉讼中的环境侵权案件举证责任分配从法律解释论的角度上看没有根本区别。但同时，由于公益诉讼涉及社会公共利益，法院在海洋环境公益诉讼中需更加主动地行使职能，不能完全依赖当事人进行证据收集和事实调查。法院应根据维护公益的宗旨来主动确定查明事实的范围并主动调取证据，法官的自由裁量无论是对行为意义上的举证责任还是对结果意义上的举证责任均有重要影响。