【摘 要】
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目的 分析新疆地区HIV-1感染者中流行的单一亚型CRF07_BC毒株的gag基因遗传特性.方法 对56例CRF07_BC亚型的HIV-1病毒感染者分别于2011年9月(T1时间点),2012年5月(T2时间点),2013年2月(T3时间点),2013年10月(T4时间点)四个时间点采集标本,抽提标本RNA,用巢式PCR扩增gag基因片段,最终将35例标本的序列(获得2次及2次以上的序列)进入基因
【机 构】
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复旦大学公共卫生学院流行病学教研室,上海200032 新疆维吾尔自治区人民医院体检中心,乌鲁木齐8
【出 处】
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第9届中国健康服务业大会暨中华医学会第七次全国健康管理学学术会议
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目的 分析新疆地区HIV-1感染者中流行的单一亚型CRF07_BC毒株的gag基因遗传特性.方法 对56例CRF07_BC亚型的HIV-1病毒感染者分别于2011年9月(T1时间点),2012年5月(T2时间点),2013年2月(T3时间点),2013年10月(T4时间点)四个时间点采集标本,抽提标本RNA,用巢式PCR扩增gag基因片段,最终将35例标本的序列(获得2次及2次以上的序列)进入基因离散率和进化树分析,并使用BEAST(Bayesian Evolutionary Analysis by Sampling Trees)软件估算该地区CRF07_BC流行毒株的最近共同祖先株形成时间和平均进化速率.结果 35例毒株在T1时间点、T2时间点、T3时间点、T4时间点的组内基因离散率分别为0.043±0.003、0.047±0.004、0.048±0.004、0.054±0.004；进化树分析显示同一样本的几次序列在进化上聚集成一簇,大部分毒株均呈现出在T4时间点上独立分歧出一支；其最近共同祖先株形成时间tMRCA为10.9年(95％HPD 2,22.24),平均进化速率为1.34×10-3(95％HPD 5.16×10-4,2.23×10-3)替换/位点/年.结论 新疆地区HIV-1感染者CRF07_BC亚型毒株会随着在一个地区流行时间的延长,而加大该地区同一亚型内的离散率；CRF07_BC单一亚型内病毒株的gag基因进化速率相对文献报道的略慢,根据HIV-1的进化速率与其传播率呈负相关关系,提示CRF07_BC亚型gag基因略低速的进化速率与新疆地区流行单一亚型CRF07_BC毒株有重要的关系.
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