动画是一个包含多种元素的复杂系统，所以其中各元素的合理整合、有序组织是医学动画设计与制作中的关键问题。而现今的一些动画制作人员对此问题的认识和关注程度还很不够，在解决问题的方法和手段上也还很欠缺。首先，从总体的结构上，一些医学动画就存在着整体性、逻辑性不强的问题，没有遵循学习者的特征和认知心理，没有针对教学内容的类型、要达到的教学效果等因素进行系统的、科学的设计;其次，对医学动画中图像、声音、字幕等多种媒体信息的合理整合不够，不能根据各媒体的特性进行合理选用，不能合理有效地组织多种媒体，让其充分发挥自身作用，并相互配合创造出良好的综合效果;还有，对动画中各个画面的设计欠缺考虑，不能将其中包括的点、线、形、图、声、光、色、影等多种造型元素有序组合、合理搭配，让其有效地传达教学信息。