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甘肃鼢鼠(Eospalax cansus)隶属啮齿目(Rodentia)，鼹形鼠科(Spalacidae)，鼢鼠亚科(Myospalactinae)，凸颅鼢鼠属(Eospalax)，是分布于黄土高原地区的优势鼠种.由于其悠久而复杂的演化历史、独特的地下生活方式和特殊的生态地位等，引起了进化生物学、生态学等学科研究者的极大关注.但该类群的形态特征信息量不足，加之研究手段的局限等，有关其生态学等研究积累有限.研究基于高通量测序技术，调查了甘肃鼢鼠核基因组中微卫星分布的规律，并对其微卫星特征进行了分析.结果显示：在约83 Mb(millions of base pairs)甘肃鼢鼠基因组中共获得14983 个重复单元长度为1～6 碱基的微卫星.微卫星序列中，以二碱基重复单元含量最多，占总数的60.6％，最主要的优势重复序列是 AC/GT；其次为四碱基重复类型，占总数的16.3％，(AAAN)n和(NTTT)n是主要的优势类型基序；三碱基重复类型中，(ATT)n 是主要的优势类型，和其余3 种((AGG)n、(AAC)n 和(AAT)n)重复类型组成了大部分重复类型(占三碱基重复类型总数的46.8％)；而在单碱基和五碱基重复类型中，(A/T)n、和(AAAAN)n 、(NTTTT)n 分别比同类型其他组合的基序数量大；六碱基重复类型中AACCCT为最多的重复单元.以重复次数、数量比例和应用便利等方面综合分析，本研究优先选择四碱基重复类型的微卫星，并成功筛选出了10个四碱基重复类型的多态性位点.这些位点在高原鼢鼠(Eospalax baileyi)等类群中的种间扩增验证，通用性较高.本研究为鼢鼠亚科动物微卫星标记类型筛选、微卫星功能及其进化、遗传学和生态学等研究提供了依据和参考.