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凤凰单丛茶以香气似天然花果香著称,在国内外市场享有盛誉.在凤凰茶种植中,生产者往往在遗传背景不甚明了的情况下进行嫁接和杂交,导致茶树品种品系良莠不齐,变异性大,名称混杂繁多,产生了大量的同物异名和同名异物的问题,在实际生产和研究中很难对凤凰单丛茶品种(系)进行准确地鉴定和区分；同时,茶农和茶商对凤凰单丛茶的分类方式多样,其中以成茶香型分类使用最为普遍,但这种方式又带有明显的人为因素,尚无科学的依据.针对凤凰单丛茶所存在的这些问题,本项研究利用ISSR分子标记技术,建立不同凤凰单丛茶品种(系)的DNA指纹图谱,旨在能够快速、准确地对不同凤凰单丛茶品种(系)进行鉴定和分类.在此基础,探讨了传统的成茶香型分类方式的分子基础.以4份凤凰单丛茶品种为材料,利用ISSR分子标记技术对UBC802-UBC899等58条ISSR引物进行筛选,得到了12条多态性好的ISSR引物.在确定最佳退火温度后,利用这12条ISSR引物对39份凤凰单丛茶品种(系)进行了扩增,从中筛选出6条核心引物,共扩增出84条带,平均每个引物扩增出14条带,其中多态性条带78条,多态性条带比例为92.86％,多态信息量平均为0.9456；其中引物UBC843多态性最为丰富,品种相似性系数在0.4063-0.9836之间.为将39份凤凰单丛茶品种全部区分开,对6条核心引物进行组合,发现在15组核心引物组合中,UBC827/UBC846的组合鉴别效率最高,品种最大相似性系数为0.9375,品种聚类区分率为100％；而引物组合UBC-843/UBC-856的鉴别效率最低,品种最大相似性系数为1,品种聚类区分率为74.36％,有10个品种无法区分.通过综合品种名称、国家地区编号、采样地点、高效核心引物组合名称以及ISSR数据代码,本研究建立了39种凤凰单丛茶的DNA指纹代码.在此基础之上,通过整合软件录入的更多相关信息,如品种指纹图谱代码、香型、海拔、ISSR-PCR扩增数据图片等,最终形成指纹图谱二维编码,为准确、快速地区分凤凰茶品种(系)提供的有力的工具,为构成凤凰单丛茶的DNA指纹图谱和凤凰单丛茶品种权益保护及信息平台的建立提供数据支持.对传统的成茶香型分类方式与本实验聚类分析结果比较发现,除桂花香的两个品种19与20,在聚类中是聚在一起的,其余同一香型的不同品种并未发现在分子水平存在着更大的一致性.因此推断,不同成茶香型的差异可能是在后基因组表达、基因调控的差异,或者是加工技术的不同而引起的.