对荷包猪和五指山猪SLA-DQA基因的第1和第2内含子部分序列以及完整的第2外显子进行PCR-RFLP分析,结果表明：2品种经EcoR Ⅰ酶切后,荷包猪BB基因型频率高于AB型,荷包猪无AA型； 五指山猪的基因型频率AB分别高于BB型和AA型,B为优势等位基因。经AluⅠ酶切后,MN基因型频率分别高于MM型和NN型,其中荷包猪中无NN型；M为优势等位基因。2品种中AluⅠ酶切基因型均未达到Hardy-Weinberg平衡。群体间从、MM、MN基因型频率差异达显著水平(P＜0.05)。本试验共鉴别8种组合基冈型,荷包猪和五指山猪分别为4和7种组合基因型,3种组合基因型AAMN、ABMM、BBMM频率在两群体间差异显著(P＜0.05)。除荷包猪的EcoRⅠ酶切位点为低度多态外,荷包猪的AluⅠ酶切位点以及五指山猪的两酶切位点均表现为中度多态,AluⅠ位点多态信息含量均高于EcoR Ⅰ位点,五指山猪杂合性高于荷包猪,两群体间的遗传距离为0.0802。