细菌通过转录调控网络感知、处理并响应外界环境信号。转录调控网络是由转录因子及其调控的目标基因所组成的复杂网络。近来研究表明，转录因子依靠三维扩散和一维滑动的形式搜索靶基因，暗示了基因间的空间距离可能影响到转录调控的动力学行为。这为我们提供了新的研究视角，即，通过三维基因组的空间交互数据来认识转录调控网络。大肠杆菌作为原核生物，其转录和翻译在同一空间进行，是研究该问题的一种很好的模式生物。我们收集了大肠杆菌在对数生成期以及SHX处理后氨基酸饥饿期的GCC基因交互数据，并整合了大肠杆菌转录调控网络，获得了两种条件下转录调控网络的交互强度信息。随后，分别从转录调控网络全局特征、关键节点、层级结构以及网络模体等四个角度探究了转录调控网络的空间组织形式，并比较了对数期和饥饿期两种条件下的空间组织特征。通过比较发现，转录调控网络内部的三维交互显著强于基因间的平均交互，表明转录调控网络的组织依赖于大肠杆菌基因组的三维结构。