【摘 要】
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GPU通用计算的出现为MD模拟计算性能的提升带来了一场技术革新。本文对支持MD模拟GPU加速的软件的计算性能进行了系统测试。以标准算例DHFR为测试基准,本文比较了三个典
【机 构】
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中国科学院过程工程研究所多相复杂系统国家重点实验室,北京,100190
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GPU通用计算的出现为MD模拟计算性能的提升带来了一场技术革新。本文对支持MD模拟GPU加速的软件的计算性能进行了系统测试。以标准算例DHFR为测试基准,本文比较了三个典型MD软件在单GPU卡上的计算性能,其中,静电力计算采用PME算法,测试所用的软硬件平台和计算结果如图1所示。从图1中可看出,不管是每1000步计算一次能量还是每步均计算能量,MD模拟GPU加速后的性能均优于GROMACS 8核CPU的计算性能。由于在不计算能量时,部分计算逻辑采用了代价小的计算近似来提升性能,GROMACS和ACEMD在enerFreq=1和enerFreq=1000两种情况下的GPU加速性能差别较大。本文还比较了多GPU卡的计算性能,测试结果表明,由于节点间通信效率较低,多节点多卡的计算性能不及单节点多卡的计算性能。
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