不确定性是客观世界的固有属性，地理数据及基于GIS分析中的不确定性问题是地理信息科学研究的重点之一。基于CSCS的潜在植被GIS模拟过程中的不确定性研究，既是应用综合顺序分类理论开展潜在植被GIS模拟及相关研究的重要科学基础，也是完善和发展CSCS系统理论和推广应用的重要科学参考。本研究利用1961-2010年日平均气温、月平均气温及DEM数据，基于CSCS理论，借助粗糙度及构建的不确定性指数，定性分析、定量表达和评价潜在植被模拟过程中的不确定性。研究结果表明：(1)由日平均气温和月平均气温计算的年积温空间化后存在积温等级划分的不确定性，在寒温、微温及暖温这三个热量带的差异尤为明显，从而进一步影响了潜在植被类型的划分；(2)各潜在植被类型的不确定性在大小和方向上均存在差异；不确定性指数的大小和符号分别反映了植被类型转换的复杂度和转换方向的差异。(3)不同数据源下的潜在植被类型的个数、种类相同，各类型的边界、面积存在明显的不确定性，分布重心的纬向位移量明显大于经向位移量；(4)定量分析和评价潜在植被GIS模拟的不确定性，论证了基于综合顺序分类理论的潜在植被GIS模拟的可靠性。