在“十一五”规划中，国家提出要对国土的空间开发做总体规划，即提出主体功能区规划构想，2007年10月，国务院办公厅下发了《关于开展全国主体功能区规划编制工作的通知》，正式启动了全国主体功能区规划编制工作，并在东、中、西和东北等区域选取了8试点（江苏、浙江、湖北、河南、云南、重庆、新疆和辽宁）进行科学层面的探讨和匹配政策方面的研究。在“十二五”规划中，国家提出实施主体功能区战略，按照全国经济合理布局的要求，规范开发秩序，控制开发强度，形成高效、协调、可持续的国土空间开发格局。限制开发区作为国家层面的四大主体功能区之一，其一大政策目标就是改善生态功能，仅国家级的限制开发区就覆盖国土204.5万平方公里，占国土面积的21.3%；新疆限制开发区作为全国的限制开发区的重要组成部分，在维护生态安全中起着举足轻重的作用。阿勒泰山地森林生态功能区作为国家划定的新疆的三大功能区之一，其主体功能定位是水源涵养功能。本文运用实证分析和规范分析向结合、宏观分析与微观分析相结合、静态与动态比较分析相结合的方法，对新疆限制开发区，尤其是阿勒泰山地森林生态功能区作了较为系统的研究。　　 全文共分六个部分：第一部分：提出了本文的研究意义，总结分析了国外对国土空间规划的一些有效措施和政策，总结分析了国内学者对主体功能区区划、建设的研究成果；提出了研究方法和创新点。第二部分：分析新疆限制开发区主体功能定位、经济发展与主体功能关系以及其区域范围界定，并以阿尔泰山地森林生态功能区等为例，给出了其行政区域范围和功能定位。第三部分：以阿尔泰山地森林生态功能区为例，分析了新疆限制开发区资源承载力状况，从产业角度分析新疆限制开发区的总体经济现状和产业发展结构，即阿尔泰山地森林生态功能区的相对资源承载力非常富余，但相对经济资源承载力较弱。第四部分：分析了阿尔泰山地森林生态功能区的经济和环境协调发展现状，即阿尔泰山地森林生态功能区的经济发展水平评价指数、环境发展水平评价指数、区域经济环境综合评价指数和经济环境协调发展度都很低，属于濒临协调发展类经济损益型。第五部分：以阿尔泰山地森林生态功能区为例，分析新疆限制开发区的产业发展路径，选出了阿尔泰山地森林生态功能区的主导产业和优势产业，即食品制造业和旅游业。第六部分：提出了促进新疆限制开发区经济发展的政策措施：即推进新疆限制开发区生态移民和牧民定居工程；建立跨行政区域的开发管理局和改善政府的绩效考核机制；建立完善的生态补偿机制；调整产业政策，构建生态安全屏障等。