毛颚类分布广、数量大，是海洋生态系统次级生产力的代表者，作为桡足类等浮游动物的主要摄食者，同时又是鱼类的优质饵料，在海洋生态系统物质循环和能量流动占有重要地位。本论文以三亚湾毛颚类优势种肥胖软箭虫(Flaccisagitta enflata)为研究对象，运用分子生物学方法研究其现场摄食多样性，分析夏、秋季与成体、幼体的摄食差异，进而探讨毛颚类在近岸生态系统中的生态功能。取得了以下研究结果:　　建立了肥胖软箭虫现场摄食样品保真采集、保存及DNA有效提取方法，设计出回避肥胖软箭虫却能扩增其他真核生物18S rDNA引物(扩增片段长度780bp)。该引物成功扩增15种不同门类的真核生物，其中甲藻2属2种，水母3属3种，桡足类3属3种，十足类1种，棘皮动物1中，软体动物2属2种，鱼类3属3种，且未扩增出肥胖软箭虫自身序列。运用该方法成功检测了自然现场肥胖软箭虫的食物组成，检测到所摄食的浮游动物类群桡足类和水母类在现场水体中均出现，种类在该海域均为常见种，且水母类在肥胖软箭虫的摄食组成中占有很大比例，证明这种探索方法可用于毛颚类现场摄食的研究。　　夏、秋季肥胖软箭虫摄食情况具有明显差异，研究结果表明，秋季食物种类数高于夏季，肥胖软箭虫夏季、秋季的主要摄食类群正好相反，夏季可能由于水体层化下层水温较低，肥胖软箭虫成体维持正常生命活动所需能量降低，因而偏向捕食更易消化的小型水母(56.52％);秋季由于生殖需要更有价值的能量，因而肥胖软箭虫捕食更多桡足类(36.67％)。秋季，由于幼体数量多，食物相对夏季缺乏，再加上水母数量上升，因而秋季幼体摄食更多的小型水母类。　　成体、幼体肥胖软箭虫摄食情况具有明显差异，成体食物种类数高于幼体，成体与幼体摄食的主要类群正好相反，夏季成体摄食小型水母较多而幼体摄食桡足类较多，秋季成体摄食桡足类较多而幼体摄食小型水母类较多。肥胖软箭虫生长阶段上食物的分离具有重要的生态意义，有助于减少种内竞争并维持物种的生存和繁衍。