2007年以来,全国各烟区大力建设烟农专业合作社,将土地、人力、物资、信息等生产要素有效整合,利用烟叶生产基础设施开展专业化服务,推动了烟叶生产由传统的单户分散种植向现代烟草农业转变。但是当前我国烟农专业合作社的发展还处于初级阶段,产区之间发展不平衡,内部运行不规范导致合作社功能无法正常发挥。湖南省通过近几年的探索与实践,烟农专业合作社得到了较快发展。但由于合作社的组织结构、专业服务、资产管理、盈余分配等方面存在问题,导致自我发展能力不强、内部管理不规范。基于此,本文以委托代理、组织管理、收入分配、全面风险管理等理论为依据,对湖南省烟农专业合作社运行机制进行系统的研究。首先明确了烟农专业合作社在发起人、功能定位、风险关注点、运作时间及资产专用性方面的特殊性,并对合作社运行机制的构成和各机制之间的耦合关系进行介绍,包括治理决策机制、服务经营机制、财务管理机制、风险管理机制、监督激励机制；接着对调研所搜集的数据和资料进行分析,总结出湖南省烟农专业合作社运行机制发展状况及存在的问题；然后对江华县冯发烟农专业合作社和宁乡县金醇烟叶专业合作社进行案例分析,总结其运行的成功经验,最后提出完善湖南省烟农专业合作社运行机制的相关管理对策和外部保障措施；以促进湖南省烟农专业合作社健康、高效发展,并对其他省份或地区的烟草农业现代化的建设起到一定的借鉴作用。