水环境污染问题主要涉及点源污染和非点源污染，当前点源污染受到世界各地政府的普遍关注，西方欧美的一些发达国家开展了大量的实验研究对点源污染达到了有效的控制和治理。而对非点源污染的研究鲜有报道，非点源污染在美国相关法案中被定义为“污染物以广域的、分散的、微量的形式进入地表及地下水体”。与点源污染相比,非点源污染具有涉及范围广、隐蔽性强、随机性大、潜伏周期长、累积性高等特点，使其监测难度大、难以量化，目前已成为影响水环境质量的主要污染来源。因而寻找一种能够有效监测非点源污染的技术成为当今社会对污染源研究的热点。MST（Microbial Source Tracking）技术是20世纪90年代中期发展起来的新技术，被称为是一种能把非点源污染监测转化为点源污染监测的技术。本论文就针对非点源污染中的粪便污染展开研究。经过查阅大量资料和多次实验验证，采用HF183F-Bac708R和Biado1-Biado2作为人类粪便特异性指示菌的引物对，采用DF475F-Bac708R作为狗类粪便特异性指示菌的引物对，分别建立了各种引物从DNA提取到PCR定性定量检测的完整方法。选用细菌基因组DNA提取试剂盒提取环境水体中的总细菌DNA，通过PCR仪的温度梯度功能分别对PCR检测体系和退火温度进行了优化，提高了PCR的检测效果,确定了特异性标记物的PCR检测方法。在定性检测方法的基础上建立了几种特异性指示菌定量PCR检测方法。研究还分别采用了重组质粒和细菌基因组DNA作为标准模板来建立标准曲线，并比较了两种方法的优劣。另外，本次研究利用建立起来的PCR方法模拟自然条件，研究了有无光照以及不同温度对指示菌含量的影响，同时对西安市第一、第三污水厂不同处理单元对指示菌的去除效果作了简单分析。