蛋白质要正常的发挥功能，必须处于自己特定的亚细胞定位中，因此研究蛋白质的亚细胞定位对其功能的研究起到了至关重要的作用。叶绿体是植物细胞所特有的细胞器；叶绿体中的蛋白质由核基因组编码和质体基因组编码。但是。目前叶绿体中的蛋白质数目尚不清楚，而水稻是重要的单子叶模式植物。水稻叶绿体蛋白的预测有助于人们在分子水平上理解高等植物的叶绿体的生物发生和光合作用的机理。目前虽然有不少高通量的实验方法和生物预测方法，但是都存在一定的假阳性和偏向性。而本论文利用整合基因组学(Integrative Genomics)的方法预测了水稻的叶绿体蛋白质。本论文采用四种算法预测水稻的叶绿体蛋白质，同时搜集五种数据来源的叶绿体蛋白质.在此预测的基础上利用收集来的黄金阳极和阴极数据通过改进的贝叶斯方法进行评价和整合。最后得到1618个水稻叶绿体核心蛋白(1509核编码蛋白，109叶绿体自身编码蛋白)和2399个候选的叶绿体蛋白。基于这些数据，推测认为水稻核编码叶绿体总数大约为3755个.同时，本论文通过分析水稻和拟南芥叶绿体核心蛋白数据，得到了植物的基础叶绿体蛋白(FPD)1431.进一步分析认为，得出了1021植物蛋白是直接从光合细菌进化过来的。本文最终得到的叶绿体蛋白的数据很好的结合了实验数据和生物信息预测数据，具有较高的可信度，同时这种方法可以完全应用在其他以测序物种。