底栖动物在生态系统的物质循环和能量流动中起着重要作用，是链接底层和水层食物网的重要环节。同时，底栖动物也具有重要的应用价值，如水生态环境监测、生态系统健康评价与渔业管理等。2008-2009年对分水江水库、2007-2009年对新安江水库的底栖动物的群落结构进行了研究，主要研究结果如下：2008年11月至2009年10月，在浙江桐庐分水江水库设置7个站点对大型底栖动物进行逐月调查。调查共采集到37种底栖动物，主要由寡毛纲和摇蚊科物种组成。春、夏、秋季优势种均为霍甫水丝蚓，冬季优势种羽摇蚊。聚类分析结果表明，可将底栖动物群落划分为2类即春夏秋聚为1类，冬季单独聚为1类，并根据重要值计算结果，将春夏秋季底栖动物群落命名为霍甫水丝蚓+苏氏尾鳃蚓群落，冬季命名为羽摇蚊群落。摄食功能群分析表明，直接收集者在物种数量、密度和生物量上均占绝对优势，年均密度为(488.0±48.8) ind m-2，年均生物量为(1.86±0.49) g m-2。双因素方差分析表明，底栖动物密度在站点间无明显差异但存在显著的季节变化，呈现春季>夏季>冬季>秋季的趋势，生物量在站点、季节间均无显著差异。CCA分析表明，水温和水深是影响底栖动物时空分布的主要因子。采用Shannon多样性指数、Goodnight-Whitley指数、Wright指数、Carlander生物量指数、Pielou均匀度指数及营养状态指数对分水江水库进行的水质评价，结果表明，Shannon多样性指数、Goodnight-Whitley指数不适合用于该水库的水质评价，其它指数综合显示，分水江水库属于轻度污染。2007-2009年对新安江深水水库底栖动物群落在不同空间、水深中的分布进行了为期3年的研究。在2007-2008年间，设置了上、中、下游五个站点（S1在上游、S3、S4在中游、S8、S9在下游）对新安江水库的底栖动物和理化因子的变化进行调查研究。在2009年，分为三个断面T1（S1）、T4（S4）、T8（S8）对底栖动物进行调查研究，其中每个断面设置了10-15个采样点。共采集到24种底栖动物，隶属5纲。通过重要值计算，寡毛纲是绝对优势类群，其中霍甫水丝蚓为优势种。底栖动物的年平均密度和生物量分别为793.8±92.1ind./m~2，2.25±0.32g/m~2。密度和生物量无显著的季节差异，但存在显著的空间差异，上游最大，下游最小。密度和生物量与水深和透明度显著负相关，密度与水柱混合水样的总氮、总磷、底部局部水样的总磷呈正相关；生物量与水柱混合水样的总磷正相关。2007-2008年，在8个理化因子中只有水深是解释密度和生物量呈指数变化的最适因子。密度和生物量随着水深的增加而增加，在温跃层以下水层达到最高后逐渐降低。新安江水库大型底栖动物的密度和生物量的变化模式符合寡-中营养湖泊底栖动物的垂直分布格局。研究结果显示，水库的上游水质呈中营养或中度污染状态，中、下游呈寡营养或轻污染状态。且通过底栖动物的水深分布格局以及两个生物指数（Wright指数和Carlander s生物指数）都表明了新安江水库是一个寡-中营养的水库。同时，其他的三个生物（King指数、Goodnight-White指数和Shannon-Weaver指数）指数不适合用于评价水库水质。