波纹巴非蛤（Paphia undulata）是中国和东南亚地区的重要海水养殖贝类,国内有关波纹巴非蛤的研究主要集中在人工育苗及营养分析方面,关于波纹巴非蛤的遗传学研究较少。本研究测序了波纹巴非蛤的转录组,并在此基础上发掘免疫相关基因以及开发微卫星标记。主要取得了如下结果:1、采用Illumina Hiseq^TM 2000测序平台对巴非蛤斧足组织进行高通量测序,获得26,173,215条reads,总长度为5,286,668,078 bp。组装获得60,201条Unigenes,平均长度为875 bp。其中N50的长度为1478 bp,长度大于0.5 kb的Unigenes有23,296个,大于1kb的Unigenes有10,434个,在Nr、Nt、Swiss-Prot、TrEMBL、COG和KEGG数据库中对所有Unigenes进行注释,共注释了22,260个Unigenes,其中有6,718个Unigenes被富集到KEGG数据库中的237个通路上,5,786和15,017个Unigenes分别被注释到COG数据库和GO数据库中。2、通过对波纹巴非蛤转录组数据库进行分析,从波纹巴非蛤斧足组织中鉴定包括模式识别受体基因34个,其中包括12个外源凝集素基因,8个Toll样受体基因,2个肽聚糖识别蛋白基因,5个清道夫受体基因,硫酯蛋白家族和C1q蛋白家族相关基因5个,以及2个其他模式识别受体基因;信号转导相关基因67个,其中包括Complememt通路基因24个,NF-κB信号通路基因14个,MAPK信号通路基因10个,JAK/STAT信号转导通路基因8个,Toll样受体信号通路基因11个;免疫效应基因32个,其中包括1个抗菌肽基因、7个热休克蛋白基因、7个抗氧化酶基因、6个蛋白酶抑制剂基因、4个溶菌酶基因、2个粘蛋白基因以及5个其他免疫分子。3、应用MISA软件对波纹巴非蛤转录组测序数据进行分析,共得到7378个微卫星,以单碱基重复为主,三碱基重复次之,五碱基重复数量最少,没有筛选到六碱基重复的微卫星。从中选取95个位点设计引物,并在一个野生波纹巴非蛤群体中进行分析验证,结果显示:95个位点中能够扩增出清晰条带的位点有30个,其中15个位点表现为单态,15个位点呈现多态。使用15个多态位点进行波纹巴非蛤群体的遗传多样性分析,结果表明15个位点的等位基因数为2-9,平均等位基因数为4.733,平均有效等位基因数为2.438;平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.270、0.516,平均多态信息含量为0.457,其中有4个位点（PU29、PU32、PU49、PU70）属于高度多态（0.500