紫花苜蓿（Medicago sativa L.）是全球广泛栽培的豆科牧草,其具有秋眠特性。目前对紫花苜蓿的秋眠性机理研究主要集中于生理生态过程的研究较多,而对于相关基因表达调控途径和蛋白作用方面研究报导较少。本试验通过对非秋眠紫花苜蓿品种JD60（秋眠9级）和秋眠品种紫花苜蓿JD36（秋眠2级）形态特征以及转录组测序和蛋白组测序研究来探究紫花苜蓿的秋眠机理,研究结果如下:1、非秋眠品种紫花苜蓿JD60在面对低温环境时地上部分较秋眠品种紫花苜蓿生长更快,生长趋势更好,秋眠品种JD36紫花苜蓿在面对低温环境时生长缓慢呈现匍匐状态,但是秋眠品种根部生长情况好于非秋眠品种紫花苜蓿JD60,两品种的叶片也存在着显著差异,非秋眠品种紫花苜蓿JD60的叶片较秋眠品种紫花苜蓿JD36的叶片更长差异显著（p＜0.05）,但是宽度无显著差异（p＞0.05）。2、在20℃时秋眠和非秋眠两品种紫花苜蓿的下胚轴长度无显著差异（p＞0.05）,在4℃有显著差异（p＜0.05）。此外通过石蜡切片对比了秋眠和非秋眠两品种紫花苜蓿下胚轴细胞结构,秋眠品种紫花苜蓿细胞排列紧密规则,非秋眠品种紫花苜蓿细胞大小不规则且下胚轴中间空心,木质化程度加深。3、非秋眠品种紫花苜蓿的木质素和纤维素含量显著（p＜0.05）高于秋眠品种紫花苜蓿但是碳水化合物的含量显著（p＜0.05）低于秋眠品种紫花苜蓿,相对饲料价值也显著（p＜0.05）低于秋眠品种紫花苜蓿。4、应用Illumina测序平台对秋眠和非秋眠两个紫花苜蓿品种顶芽进行转录组测序,筛选到522个差异基因（p＜0.05）。其中被GO是数据库注释到的差异基因有319个,显著富集（p＜0.05）的GO通路有16条,主要在非膜细胞器、等细胞组分、和一些糖代谢生物功能上。1 19个差异基因被注释到KEGG数据库,显著富集（p＜0.05）的KEGG通路分别是谷胱甘肽代谢、植物病原体相互作用、苯丙氨酸代谢、植物激素信号转导、α-亚麻酸代谢等9条。5、应用TMT定量技术进行蛋白组测序,JD60对比JD36共筛选到了 8910个差异蛋白,被GO数据库注释到的差异蛋白（p＜0.05）有129个,被KEGG数据库注释到的差异蛋白（p＜0.05）有58个。GO通路主要富集在检查点钳复合体、等代谢过程和酶活性上。KEGG通路显著富集的（p＜0.05）有8条通路:亚油酸代谢、α-亚麻酸代谢、丝氨酸代谢、异喹啉生物碱生物合成、托烷、哌啶和吡啶类生物碱的生物合成、甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸的代谢、β-丙氨酸的代谢、谷胱甘肽代谢。