抗日战争爆发后,许多学校选择内迁以继续进行教育事业。在抗战初期的所有高校中,国立中央大学是内迁得最为彻底和成功的。1937年12月1日,中央大学正式在重庆沙坪坝开学。内迁重庆后的中央大学面临着多方面的困难,但整个抗日战争时期,中央大学始终较为稳定地进行着教学工作,这与中央大学内部治理体系有关。大学内部治理体系主要是指大学内部不同实体的权力与责任划分,以及运行过程中相互协作的制度设计与安排。制度的设计可以通过规程、章则等体现,相对比较明晰,但涉及到人事的安排才是更为关键的内容,这决定着内部治理体系运行的实际情况。国立中央大学的内部治理体系主要由两个部分构成,一个是行政组织体系,另一个是会议制度,两者之间存在着互相依存的关系。行政组织体系中,从校级机构到院级机构,层次分明,分工与职责范围明确。抗战期间,学校的行政组织机构也是不断动态更新的过程。从“一校两长”到“一校三长”,教导处、总务处下各个组的设置也不断改动着,研究院、柏溪分校、训导处的建立将原有的行政体系扩大了,比机构设置变动更频繁的是每个部门的负责人。与此同时,出于学术发展及抗战时期国家需求,在系科层面有新的系科(组)成立。在行政组织机构基础上的会议制度,是中央大学进行内部治理的程序。除了《国立中央大学组织大纲》中明确的校务会议、教务会议、总务会议和训导会议外,还有院系会议、行政会议、教授会和各种委员会都在学校内部治理中发挥着重要作用。中央大学的会议制度层次明晰且各有专责,提高了学校事务议决的效率。战时整个会议制度的框架与战前相比变化不大,但深究具体会议内容,则有部分更改,如校务会议、行政会议的与会成员与议决内容和教授会的性质都有发生变化。在委员会方面,如食米监理委员会、教职员新楼宿舍分配调整委员会则体现出来些许战时特色。确保学校顺利进行内部治理的,绝不只是制度与意念,教育经费是教育发展的物质保障,是不容忽视的重要对象。从1932年起,中央大学经费完全由中央财政承担,其他收入来源较少导致中央大学对政府财政的依赖度极高。抗日战争爆发后,国家财政情况紧张,直接削减教育经费,其后经常费虽有增加,却因为物价飞涨而导致经费价值率大幅缩水,经费拨付远不及经济情况恶化的速度。为了缓解学校的经费危机和维持学校的运转,历任校长都想法设法为中央大学筹措经费,然也无外乎向国民政府申请追加经费和向银行贷款。具体额度则与每位校长的能力及“上层人脉”有关。在校长负责制的前提下,罗家伦与顾孟余的离职都与经费难筹有关,经费问题对中央大学内部治理体系的人事安排构成直接冲击。虽然中央大学经费危机的直接原因是抗战背景下国内经济的恶化,然而从历任校长筹措的款目和效果来看,中央大学经费在主观上更受到校长与国民政府关系的影响。其实,经费受到校长与国民政府关系的影响只是一个表象,中央大学内部治理体系是受到外部环境的影响的,这个外部环境虽有经济、政治、社会多方面,在抗战时期最突出的还是以党国政府为代表的政治环境。领导层人员的变动及其所持有的立场揭开了各类派系斗争的面纱。战时中央大学内部治理体系呈现出三个显著的特征。一是国民政府加强对中央大学的控制,这种控制一方面体现在通过颁布相关教育政策与法令来调整中央大学行政组织及会议制度的设置,另一方面体现在党国对中央大学人事的安排上,尤其是对校长的选择,其中还涉及了国民党内的派系斗争。二是在抗战的大背景下,中央大学内部治理体系面临来自战争的机遇与挑战,机遇主要是出于服务抗战、服务国家的目的而新增设系科以及与政府合作,挑战中最突出和直接的表现是经费问题。三是战时中央大学内部治理过程中,校内学术派系斗争激烈,甚至出现了由某一派系教授群体掌握学校行政主导权的现象,这与传统认知上民主开放的“教授治校”有较大出入。