近年来信息技术在商业领域的应用前景广阔,电子商务由于缩短了企业资金、技术的运转周期,降低了经营成本,提高企业收入等优势而受到广泛应用。随着我国经济发展,国民收入提高,为购买到满意商品而进行跨国采购的意愿加强,促进了我国进口贸易的增长;同时我国制造业也在高速发展,产品远销海外,我国出口贸易逐年递增。基于电子商务对商业行为的渗入日益加大和我国进出口贸易的需求增加两方面原因,跨境电子商务应运而生,迅猛发展。跨境电子商务的实质是应用了电子商务技术的跨国贸易,将传统贸易中的部分商务流程进行数字化、电子化和网络化处理。与传统贸易模式相比,跨境电子商务扩大了交易主体范围和交易内容。海关关税是国家财政的重要来源,做到"应收尽收"是确保国家税收持续稳步增长的重要手段。跨境电子商务迅速增长的贸易量所带来的客观关税收入是不可低估的。由于跨境电子商务的特殊性和现行关税制度发展的滞后性,跨境电子商务对现行的关税制度产生了巨大冲击和严峻挑战。现行的关税制度对跨境电子商务的纳税主体、客体认定,纳税环节、地点的确认等方面出现了模糊性,这些问题给海关关税征管带来了困难,造成了部分关税流失。因此,完善对跨境电子商务的海关关税征管愈发必要。在目前的形势下,在正视和鼓励跨境电子商务发展的同时,如何完善海关关税征管,营造公平的贸易环境,保障我国进出口持续高速发展值得深入研究。文章通过对税收制度、海关关税制度、电子商务的特点以及海关对跨境电子商务这一新型业态的关税征管等方面的相关内容进行理论分析,提出了跨境电子商务目前在海关征管领域存在的各类问题,以及对税收原则、现行课税要素等方面造成的影响,从纳税主体、监管对象属性、凭证无纸化、管辖权确认、骗汇可能性等几个角度具体分析了导致问题发生的原因,并提出了对现有制度进行完善的相关对策,即对跨境电子商务业务的海关关税征管应遵循兼顾贸易自由与保护、兼顾公平与效率、既与国际接轨又符合国情的原则。逐步完善法律制度建设,统一税率简化税目,创新征管模式,完善信息化通关系统,加强风险管理并充分利用现有海关特殊监管区域的功能优势,逐步完善对跨境电子商务的关税征管工作。