目的:分析不同时间段复发转移的肝细胞性肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)的表达谱,验证其差异表达,探讨LncRNA与肝癌术后复发转移相关性,为研究肝细胞癌侵袭转移的分子机制提供基本信息。方法:收集近期复发转移(一年以内复发转移组)的肝癌组织标本和远期复发转移(两年以上复发转移组)的肝癌组织标本和正常肝脏组织标本组(血管瘤患者的肝组织)各6例。LncRNA+mRNA表达谱芯片全基因组范围内分析肝细胞肝癌复发转移相关的LncRNA。表达谱数据行基因差异分析,并对差异表达的LncRNA同mRNA进行共表达分析和通路分析。选择差异表达的15个LncRNAs,在肝癌细胞株MHCC97H和MHCC97L中用q-PCR方法验证。T检验方法进行统计分析。结果:对LncRNA+mRNA表达谱芯片全基因组分析,1170个LncRNAs在近期复发转移组和远期复发转移组中存在差异表达(绝对倍数差异≥2,P≤0.05)。这些差异表达的LncRNAs在1号染色体和2号染色体中分布最多。对差异表达的LncRNAs进行亚类分析,发现这些LncRNA在5个亚类(正义LncRNA、反义LncRNA、内含子LncRNA、基因间LncRNA和双向LncRNA)中均有分布,且基因间的LncRNAs占差异表达的LncRNAs的三分之一。共表达分析和通路分析发现,和差异表达的LncRNAs相关联的mRNAs富集于细胞进程、生理进程和代谢进程。选择15个差异表达的LncRNAs在具有完全相同的遗传背景但不同侵袭潜力的MHCC97H和MHCC97L细胞株中进行qPCR验证,其中9个差异表达的LncRNAs表达水平与表达谱芯片分析数据一致。结论:部分LncRNAs可能与肝细胞癌复发转移相关,并且主要分布在1、2号染色体。