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本试验利用PCR-SSCP技术分析了永昌甘农新品种群羊、小尾寒羊、湖羊3个品种绵羊的MC4R、MRF4和PROP1基因的多态性突变位点，并运用NCBI网站和ExPaSy等生物信息学在线工具分析各个基因编码序列及其编码氨基酸的理化性质、结构及功能，从而为绵羊生长发育性状的分子标记作辅助选择以及分子育种提供基础资料。结果如下：1、在MC4R基因的3段基因片段中共发现4个多态性位点，分别是：C495T、G511A、C732G、G896C，其中C495T和G896C属于同义突变，分别编码Ser和Ala。G896C位点上，3个绵羊品种均发现了2个基因型，CC和CD。3个绵羊品种在该位点均处于低度多态性和Hardy-weinberg平衡状态；C732G属于种间突变，小尾寒羊为G碱基，编码Met，另外两个品种均为C碱基，编码Ile，经蛋白质的二级结构预测显示，该位点的氨基酸不同，导致该基因编码蛋白质的二级结构也略有不同，由原来的51.5%的α螺旋、16.27%的β折叠和32.23%的无规则卷曲组成变为由51.2%的α螺旋、15.36%的β折叠和33.43%的无规则卷曲组成。在MC4R-3基因片段中，G511A同C495T一起在三个绵羊品种中均有体现，包括3个基因型：AA、AB和BB，优势基因为B，优势基因型为BB，在这3个基因型中小尾寒羊处于中度多态性，其他两个品种均为低度多态性，除湖羊外，其余两个品种均处于Hardy-weinberg平衡状态；氨基酸由Glu转变为Lys，导致该基因编码蛋白质的二级结构也略有不同，变为由51.5%的α螺旋、14.46%的β折叠和34.04%的无规则卷曲组成。MC4R氨基酸序列有明显的疏水性区域，有7个跨膜螺旋区及信号肽。MC4R基因编码蛋白主要的二级结构元件是α螺旋和无规则卷曲。通过同源性比对分析，我们发现绵羊MC4R基因与山羊、牛、野猪、人类及大猩猩的相似度分别为97%、94%、81%、83%及83%。2、在PROP1外显子1上未发现该片段有多态性。PROP1氨基酸序列整体表现为亲水性，该蛋白属于膜外蛋白，含有12个磷酸化位点，主要的二级结构元件是α螺旋和无规则卷曲。通过同源性比对分析，绵羊的PROP1基因同牛、野猪、家犬、人类以及大猩猩的基因相似程度分别为95%、78%、80%、75%以及77%。3、在MRF4外显子1中未发现该片段有多态性位点。测序结果与NCBI中标准序列比对时，发现在162位出现T和C的不同，密码子存在ATC和ACC之间的不同，编码的氨基酸分别为Ile和Thr。编码蛋白质的二级结构也出现略微差别。氨基酸序列整体表现为亲水性，为膜外蛋白，含有22个磷酸化位点，主要的二级结构元件是α螺旋和无规则卷曲。绵羊MRF4基因的编码区与山羊、牛、野猪、人类及大白鼠的相似程度分别为：99%、99%、94%、97%及89%。由此可见，MRF4基因的编码区极其保守。