研究目的：了解高邮市新农合近几年基金运行情况及住院费用控制情况，并对影响新农合基金运行的因素提出政策建议。将支付方式改革作为高邮市新农合费用控制的重要手段，选取高邮市新农合县级定点医疗机构为对象，通过现场调查了解高邮市住院按病种结算付费改革方案，并进行效果评价，探究高邮市住院支付方式改革中存在的主要问题及其所需的配套措施；在此基础上，借鉴国际国内支付方式改革的成功经验进行住院支付方式的设计。研究方法：文献研究法，总结国际国内支付方式改革的成功经验；收集2008-2011年高邮市新农合运行报表及2011年县级医院参合患者的住院数据，采用Excel、SAS统计软件对数据进行处理分析；对高邮市新农合经办机构管理人员进行关键知情人访谈；对长期研究支付方式改革的专家教授进行专家咨询。研究结果：①高邮市新农合整体运行状况良好，参合率及其受益水平明显提高；但也存在一些问题，表现为医疗费用快速增长、目录外用药及项目费用偏多、新农合资金的筹集与补偿方案的调整不够同步等。②目前，高邮市住院按病种付费改革对医疗费用控制的作用不明显。高邮市按病种付费改革存在的主要问题是：符合单病种付费的病例数较少、覆盖面较窄；缺乏信息系统和临床路径的支撑；付费标准制定欠科学等。③在单病种、DRGs和按床日付费思想的基础上，提出在高邮市新农合中探索按病种床日付费改革方案，最终将住院疾病分为50组，其中48组疾病可覆盖住院病人的76.08%；在疾病分组的基础上设定了每组疾病的床日付费标准，并设计了一系列费用和质量控制指标作为绩效付费的考核依据。政策建议：①高邮市新农合需完善支付方式改革、加强对医疗机构的监管、及时调整筹资与补偿方案等措施应对医疗院费用快速增长的影响。②支付方式的改革急需宏观政策的调整，如规范统一医学编码、建立医疗机构的成本核算、变更会计制度和发票制度、建立健全医疗机构的分级转诊制度等。③高邮市住院混合支付方式改革，需要实施临床路径的管理；建立医疗费用和医疗质量考核指标，实行绩效支付；完善信息系统建设；提高需方知晓率和医务人员积极性。