为实现到2020年,横向流域生态保护机制在各省（区、市）行政区域内基本建立的目标,各省都已经开始签订生态补偿协议。横向流域生态补偿协议是指各地政府为了提高区域内水环境质量,以流域水质、河流断面考核为依据,与其他区域政府达成生态补偿支付标准,当水环境达到约定标准时,下游政府为补偿上游地区而支付补偿金,其实质是下游政府补偿上游地区因提高水质而放弃的经济发展机会;水环境没有达到约定的标准时,上游政府为自己违反协议约定而承担相应的补偿金。从协议主体来看,是上游政府为改善本流域水环境质量,下游政府为获取更优质水资源而自愿达成的协议;从协议客体来看,社会经济发展,生态环境的保护都离不开水资源,水资源具有公共产品性质,水资源的所有权归属于国家,但集体和个人可依据法定程序利用水资源,获得相应的权利。因此,水资源是具有公权性质的特殊用益物权;从协议内容来看,是上下游政府多数以河流断面水质为依据基于平等协商而达成的补偿协议。横向流域生态补偿协议与一般的民事合同和行政协定都有很大的差别,协议性质具有自身的特殊性,因此,只有明晰协议性质才能完善主体责任,使协议更具可操作性。横向流域生态补偿协议在提升水环境质量的同时以平衡上下游地区经济发展为目标,平衡上下游之间的水资源利用,对水资源使用权利制度重新进行构建,以法学理论,生态学理论,经济学理论等理论为支撑,是在平等主体之间实现的权利补偿。是下游政府对上游地区正当行使水资源的过程施加限制而影响其水资源使用权,所以补偿协议具有一定的债权色彩,同时也体现地方政府作为水资源利用主体直接行使对水资源的支配权,体现上下游政府间对水资源使用权的合理限定且自由支配水资源使用权的内容,以实现最大程度的公平。通过合同限制上游政府水资源使用权而提高水质,总体来说是保留水资源的原始状态而不予积极利用,将水资源“闲置”。但此种“闲置”不仅不会如一般物权那样导致不利的法律后果,而且会带来正外部性,使得下游地区获取高质量的水资源,对其进行经济利用,从而使下游地区获取收益,因此是一种特殊的物权利用方式。上下游政府在主体上不同于市场经济中民事法律主体的特征,补偿协议中权利客体也不用于物权法上的物,但生态补偿协议的内容是上下游政府协商一致的结果,体现了民法的核心原则即意思自治原则,因此,可将生态补偿协议的性质界定为准民事合同。生态补偿协议定性为准民事合同,在法律适用上可依据民法中合同法等法律的相关规定。在生态补偿协议中明确上下游政府之间的权利义务,在签订协议之前,选取下游地区的企业和居民进行样本调查,确定下游地区居民为维护良好的流域水质愿意承担多少补偿金,以此为依据将违约金约定在协议中,确定了上下游政府在违反协议约定时承担的违约金额。此外,为了实现补偿协议的目的,提高流域水环境质量,减少对水环境造成的污染,应当确立保证金制度,即上下游政府共同向监管者缴纳保证金,用于保证上游政府能落实生态补偿协议的内容以及上游政府履行协议约定的义务后下游政府能及时给予补偿金,如若上游政府未能完成协议约定的目标或下游政府未能按照协议的约定给予上游政府补偿金,该保证金将被监管者没收用于治理水污染或缴纳违约金。保证金制度可以提高政府保护水环境质量的积极性,提升水质,实现生态补偿协议的目标。