我国在计划经济时代,效仿苏联的先进经验,所建立的科技体制是以行政管理为主要方式的,正是这样的体制,使得我国科学技术在能力提升、体系建立上,得到了巨大的帮助。但是,在新时期新环境新要求之下,不断高速发展的市场经济凸显了这样的服从计划、服从安排的科技体制的弊病,比如科技发展不契合经济发展,比如科技资源分散,比如科研院所活力不足。伴随着改革开放的进程,我国的科技体制也进行了市场化的改革,对我国科技水平起到了显著的作用,建立起科技发展全面支持经济建设的局面。但是,我国的科技体制还是被计划体制所牵制,科技发展仍然与社会、经济发展存在背离的现象。虽然在现阶段,我国作为发展中国家,对科技发展有着更高、更快的要求,同时,对特殊科研开发成果的保护,还不能在科研开发工作中让政府离场,战略性的科研开发,必须由政府直接把控。然而,只有市场化,才是我国旧体制下大部分科研院所唯一的出路,只有参与市场竞争,科研院所的研发水平才能得到最大提高,科研开发成果才能高效的转化。现在,科技体制改革正处在关键时期,必须以提升我国自主创新能力为目标,持续深化科技体制改革。我国改制科研院所前进的步伐还仍然不够,依然存在许多的问题。特别是在人力资源管理、自主创新能力提升、政策资源配置等方面,存在明显的缺陷。本文拟针对这三方面现存的问题,进行分析,以CM研究院为例,探讨人力资源结构调整、建立有效用人机制、铸造优秀企业文化等人才队伍建设方法,从观念创新、激励制度创新、引进技术与自主创新相结合等方面讨论自主创新能力提升的策略,最后以金融、知识产权保护、基础载体建设、科技服务中介设立等内容,对宏观政策进行设想。