本文从微观经济学、制度经济学的角度分析了生态效益补偿的作用效果，为补偿模型的建立设计了一种科学的方法。 基于政府补偿制度的设定和林业生态效益供给选择之间相互作用机制，在总结效益法和成本法各自特点的基础上，利用双层规划法原理提出了一种协调多林种补偿控制的生态效益优化方法。模型下层的林业生产经营者函数引入了林产品的经济收益，使利益最大化选择较为切合实际，从而为补贴优化提供更加可靠的依据，上层问题为补偿标准安排下的生态效益最大，希望通过提出一种协调多林种收益的生态控制双层规划模型，实现在既定约束下补偿激励的优化。 通过对模型解的形式的分析，得出模型的几个可能解域，并提出算法，通过算例，编写了一套运算的逻辑程序，对运算结果进行了简要的分析。此外，对模型进行了更高层次的拓展，分析了中央政府和地方政府之间的博弈状况，得出了两者之间的双层规划模型。 本研究是建立在博弈论和分配经济学、数学推导基础上的，对制度制定、实施及其产生的效果、制度的修订等过程进行了研究，最后所建立起的模型和补偿思路对林业补偿制度的确立有着一定的理论意义。