生态环境修复责任,指通过人工干预,对因人类活动造成生态环境损害进行修复的行为。在自然保护区适用生态环境修复责任,能够弥补我国自然保护区现行管理体制的漏洞,保护生态环境。但是,在司法实践中,自然保护区生态环境修复责任的适用面临着诸多问题。在启动标准方面,生态环境损害难以认定,基线水平确定难度大;法律表述不一致导致生态环境修复责任的归责原则存在争议,是否应当适用违法性要件未能形成定论。因此应当将生态环境损害的判断标准写进法律,尽快统一立法表述,明确生态环境修复责任的归责原则和构成要件。在责任承担方式上,没有针对不同责任承担方式的清晰适用标准。赔偿损失和生态环境修复费用的性质时有混淆,在受损生态环境能够被修复的情况下适用替代性修复,导致自行修复的比例偏低。确定执行目标和方案时过度依赖专家意见,“鉴定式判决”大行其道,未能综合考虑公众参与等相关因素。必须明确不同责任承担方式的适用标准,加大生态环境修复目标和方案的司法审查力度,综合考虑相关因素。在配套制度方面,我国以公权力为主导的生态环境修复资金管理模式产生了效率低下、有效监督不足等问题。生态环境修复项目的实施过程中存在监管漏洞,管理者与监督者身份混同的现象时有发生。应当加大执行监管力度,引入市场化力量,建立司法行政的执行联动机制。