高等学校的科学研究在我国占有重要地位,是我国科技创新的重要组成部分。高校在科研经费管理方面的问题突出,部分高校科研经费内部控制建设方面存在很大缺陷,导致科研经费使用过程中违法违规现象频发,甚至出现科研腐败案件。作为高校重要职能之一的科学研究工作,属于高校内部运行的重要组成部分,其运行应当符合内部控制管理的要求。本文以内部控制为视角,以COSO委员会对内部控制的诠释为基础,结合我国《内部控制基本规范》及其配套指引,以S省高校科研经费管理实践为研究对象,通过搜集S省高校在科研经费管理实践方面的相关资料和数据,借鉴国内外专家学者对科研经费管理的研究经验,对S省高校科研经费的管理现状进行分析,并结合内部控制理论在公司治理上的应用,对我国科研经费管理体制进行深度剖析,总结出改进我国科研经费管理体制的对策和建议,以期完善我国科研经费管理体制,保障国家科研资金的安全,提高科研经费的使用效率和效益,促进科技创新更好更快的发展。本文从内部控制五要素的角度对科研经费管理问题进行了全面梳理,发现问题,提出对策,以期对我国科研经费管理的改进有所裨益。作为一篇探讨研究性论文,本人提出的问题和得出的对策,有其独创性,即使不能为完善我国科研经费管理做出贡献,也希望能给后来的研究者一些小小的启发。