本文论述了河流生态系统的特点、结构和功能，并在系统总结国内外河流生态恢复及评价的相关理论和方法的基础上，结合黄浦江、苏州河的退化现状和环境特征，通过评价原则，评价指标及权重等步骤，构造了包含河流水质理化特征、河流生物特征以及河流生境特征3个一级指标和17个二级指标在内的一整套较为系统、完整且操作性强的河流生态系统恢复评价指标体系，然后确立了五级的评价等级。并根据实地采样数据，分析黄浦江、苏州河现状，制定了相应的恢复目标，完成了黄浦江、苏州河生态恢复综合评价。评价结果如下： 　　(1)黄浦江生态系统现状上游优于中下游，其中淀峰经评价处在Ⅱ级水平，生态系统结构和功能较为完整，自我恢复能力强。其生态系统现状为：淀峰断面＞松浦大桥断面＞吴淞口断面。从生态恢复角度看，效果不明显，总体上有所下降。主要是由于水质指标下降所引起，因此现阶段要改善黄浦江河流生态系统现状需要从水质入手。可以在上游地区进行污水处理并控制排放，推行清洁生产，以此来提高上游来水水质。 (2)苏州河生态系统现状空间趋势类似于黄浦江，也是上游地区要好于中下游地区。其生态系统现状为：赵屯断面＞黄渡断面＞浙江路桥断面＞北新泾断面。不过苏州河生态系统恢复情况进展较为缓慢，相比较而言浙江路桥断面恢复状况略好一些，因此必须采取一些人工辅助手段来实现目标。围绕苏州河恢复目标的实现，需要首先改变水质指标较差的情况，进行截污工程并采用调水等手段。同时考虑苏州河景观河道的目标，在保证防汛功能的前提下，适当的改善苏州河两岸的生境。 (3)黄浦江各断面水质状况评价明显好于苏州河各断面水质情况，因此在今后的恢复中，黄浦江各断面在恢复水质及生境的同时，主要考虑生物的恢复；而苏州河各断面的恢复首先还是要进行水质的改善，同时兼顾生境和生物的恢复。 研究成果表明，评价结果与黄浦江、苏州河河流生态系统现状研究结论基本一致，证明是在实际应用中是有效的。并且本指标体系综合考虑了城市河流的特点，对于城市河流的恢复评价更具代表性。指标体系的建立为黄浦江综合治理、苏州河综合整治工程、上海市环保新三年行动计划的实施以及世博会水安全提供科技支撑，并为我国河流生态系统修复与重建提供了一定的理论研究基础。