乙型肝炎病毒(Hepatitis B Virus, HBV)感染是当前严重的全球健康问题之一，HBV感染是引起包括肝细胞癌在内的慢性肝脏疾病的重要致病因素，持续性HBV病毒感染会导致慢性肝脏损伤、肝纤维化、肝硬化以及原发性肝细胞癌(hepatocellular carcinoma, HCC)。但目前针对慢性乙型肝炎和肝癌的治疗均不能达到理想的效果。在慢性乙型肝炎的治疗中，目前临床常用的抗病毒药物如干扰素和核苷类似物由于不能彻底阻断HBV在肝组织内的复制和再感染，副作用及耐药发生率高，因而药物效果不佳。而在肝癌的治疗中，大多数肝癌病人因诊断时间过晚而不能手术切除，化疗成为治疗肝癌的主要手段。但是大部分肝癌病人对于化疗效果不佳，原因多是由于多药耐药性（multiple drug resistance，MDR）的产生。如果能解决治疗上的两个关键的问题，一是清除或长期抑制体内病毒的复制，二是控制肝癌细胞对化疗药物耐药的发生，那么，将有效的阻止慢性乙型肝炎的病人向肝硬化的发展，延长肝癌患者的寿命，HBV慢性感染的预后将会大大改善，患者的生存质量将大幅度提高。而近年来质谱技术，稳定同位素标记等高通量的蛋白质组学技术为蛋白质组的功能研究提供了新的技术平台。因而本研究利用iTRAQ联合质谱技术，针对亟待解决的临床问题，选择HBV复制细胞模型HepG2.2.15细胞，以及肝癌耐药细胞模型5-氟尿嘧啶耐药的BEL7402/5-FU细胞，研究HBV复制和肝癌耐药引起的宿主细胞的蛋白质组学改变，试图寻找到影响乙肝复制和肝癌耐药的关键的蛋白质节点，对其功能进行深入的探索，为找到新的药物靶点提供理论依据。在我们的试验中，通过比较HepG2和HepG2.2.15细胞蛋白的差异表达谱，鉴定出170个差异表达的蛋白。用Realtime PCR，Western blot对其中部分差异表达蛋白质进行了基因表达水平和蛋白质表达水平的验证。进一步为探索热休克蛋白27（HSP27）与病毒复制的相关性，在HepG2.2.15中敲除差异表达的蛋白HSP27，培养上清中的HBV复制水平明显增加；而高表达HSP27后明显抑制了HBV的复制，差异具有统计学意义。并且在HepG2.2.15细胞中高表达HSP27后检测到Ⅰ型干扰素及下游5个干扰素诱导基因表达水平显著升高。提示HSP27作为一个内源性的抗病毒因子，通过促进干扰素途径的作用而发挥功能。在对5-氟尿嘧啶耐药BEL7402/5-FU细胞的质谱分析中，鉴定出52个差异表达的蛋白。其中包括以前未见报道与肿瘤的多药耐药性相关的蛋白：ANXA2, MARCKSL1, S100A14,和S100A6等；应用Realtime PCR，Westernblot对其中部分差异表达蛋白进行了基因和蛋白水平的验证，证实表达差异与质谱检测结果相同。在BEL7402/5-FU细胞中敲除ANXA3后，细胞对化疗药物的敏感性显著增加。此外，免疫组化检测60例配对的肝癌组织和癌旁正常肝组织中ANXA3的表达，在肝癌组织中ANXA3呈高表达，提示它可以作为治疗肝癌的有效的靶点。在我们的研究中，应用高通量的蛋白质组学平台，分析了乙肝复制及肝癌耐药的细胞模型，鉴定出了一系列极为重要的关键靶蛋白，这些研究为进一步寻找治疗乙肝相关重大疾病的药物靶点提供了重要线索，并为乙肝相关重大疾病的分子机制研究提供了科学依据。