中国改革开放走过了近三十年的历程，这场改革涉及到方方面面，渗透到社会各个系统并不断走向深入。高校从上个世纪九十年代初，试点实行合并、重组，在实践基础上，教育主管部门提出“共建、调整、合作、合并”的改革思路。经过十几年时间，我国高校合并、调整总体格局基本完成。然而，国办高等学校内部组织机构建制，组织文化建设长期受计划经济体制影响，在一定程度上影响了培养人才、科学研究、服务社会高校三项功能的充分发挥。在逐步建立完善的社会主义市场经济背景要求下，突出大学创造知识、传授知识，传承文明的作用，彰显大学自治、学术自由的本质，对高等学校内部组织结构作出适应性调整，建立适应性的管理运行模式，成为高校在建立现代大学制度中的重要课题。本文通过对中西方大学组织结构横向对比、对建国后高校组织结构的纵向回顾，以河北职工医学院为例，采取比较法、个案分析法、文献研究法、调查法，用相关组织理论对其内部的组织结构建制、演变进行评析，认为我国高校内部组织结构不同于西方大学行政管理和学术管理的“二元结构”，而是由党务系统、行政系统、学术系统组成，根据我国国情，大学组织结构建设应正确处理党的领导地位，行政的高效性，学术的自治性之间的关系，按照社会主义市场经济发展的要求，遵照教育规律，根据现代大学制度特征，提出河北职工医学院转型后建立“紧密与松散、正向与逆向”相结合的权力运行模式，体现职责分明、学术自治、民主管理的大学特征，使大学在社会主义市场经济建设中发挥更大作用。