农产品供应链管理是解决我国流通领域现存问题的一种有效方式，我国早已对其进行探索，但是并没有从根本上解决问题。主要是因为中国农产品流通中的组织主体规模小而分散，合作关系不稳定，交易双方市场地位悬殊，现代技术手段运用能力低。因此进行农产品供应链组织整合是构建农产品供应链的关键步骤。本文将供应链管理理论、交易费用理论以及农产品供应链管理理论作为本研究的理论基础，从而完成对适合参与农产品供应链的主体的筛选。根据四个识别依据，本文将企业化批发市场、龙头加工企业、连锁超市以及大型专业物流公司四个主体限定为参与农产品供应链的核心主体。在此基础上，从两个视角对农产品供应链组织整合过程中存在的障碍进行研究：一是以核心主体在参与到农产品供应链过程中的影响因素作为研究视角；二是从维护农产品供应链稳定运行方面进行研究。根据农产品的特点以及主体间紧密程度提出以契约为纽带的半紧密型整合模式和以特定投资为纽带的紧密型整合模式，根据不同的整合模式选择不同的实现路径。通过分析和调查得知，农产品供应链的不确定性、风险共担难度大、相互依赖性低、信息不对称或传递障碍、利益协调困难、主体仓储能力低以及主体有限理性是农产品供应链组织整合过程中存在的重要阻碍因素。以契约作为纽带可以在相对长的时期内维持主体之间的合作，适合附加值较低的农产品。在这种模式中，企业化批发市场需要加强信息中心的建设，加工企业需要提升仓储保管能力，而超市需要保证契约的柔性。以特定投资为纽带的紧密型整合模式适合长期合作，最主要的是要建立起“利益共享、风险共担”机制。本文的主要创新之处在于：1、对农产品供应链参与主体进行了明确限定，从更深层面对农产品供应链组织整合的泛化研究进行完善。2、抛开农产品和主体存在的个性因素，从主体参与以及维护农产品供应链两个方面对影响一般化的农产品供应链组织整合的因素进行了分析，在一定程度上丰富农产品供应链的研究理论。